Por conducto de un equipo de servidores públicos conformado de acuerdo a lo dispuesto por el artículo 4 de la Ley Orgánica del Tribunal de Justicia Administrativa del Estado de Querétaro, por:
- Sala Superior integrada por dos Magistrados Propietarios y un Magistrado Presidente, que tienen como facultad otorgada por la Ley de la materia, la revisión de las resoluciones dictadas por los Juzgados Administrativos, llamados de primera instancia, así como representar jurídicamente al Tribunal y fungir como órgano administrativo y de gobierno.
- Tres Juzgados Administrativos con residencia, dos en la Ciudad de Querétaro y uno en el municipio de San Juan del Río, Querétaro, que les corresponde el desahogo de los procedimientos que se someten a su competencia, dictando resoluciones.
- Defensoría de Oficio, con sede en la Ciudad de Querétaro, San Juan del Río, y Jalpan de Serra, cuya función es proporcionar asesoría, y defensa en representación de aquellos particulares, personas físicas que no cuenten con los recursos económicos suficientes para llevar a cabo la contratación de un Abogado Particular.